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时明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。为此，清算魏党的战斗刻不容缓。崇祯帝先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。[60]从天启七年（1627年）十一月至崇祯二年（1629年）三月，清查阉党逆案的罗网撒开。除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，崇祯帝下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。[60]
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，崇祯帝都一一做到了。除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，理论用之实践的结果却让崇祯帝品尝到了政治的苦涩。[60]
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯帝陷入了一场永无休止的战争之中。[60]
明朝自万历以来，党争不断，东林党与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。[60]
勤政廉政
据有关史料记载，崇祯帝勤政到为处理公文彻夜不眠。一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃（崇祯帝祖母辈）时，竟然坐着睡着了，刘太妃命人拿来锦被给崇祯盖上。崇祯醒来后苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪。崇祯帝白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息。[61]
崇祯帝是明朝自太祖以来罕见的勤政之君，除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵。一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上。当时日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”一句，便抬眼注视皇上翘起的脚，崇祯帝不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下。可见，他对日讲也是认真对待，并非敷衍了事。[62]崇祯帝上任伊始，发出“文官不爱钱”的号召。在随后的日子里，他一直以身作则：当政17年，宫中没有进行任何营建，吃穿俱不讲究